Faltaban seis años para el inicio de construcción del puerto. Tras un fuerte ruido subterráneo, un espantoso terremoto afectaba al pueblo de San Antonio a las 19.48 del 16 de agosto de 1906. Según crónicas de la época el remezón duró un minuto y medio y era casi imposible mantenerse en pie. Se deslizaron arenas de las dunas del cerro al norte de la Plaza de San Antonio afectando casas y la iglesia. También se bloqueó la salida del estero Arévalo estancando sus aguas y resultaron dañadas las instalaciones del diario local Los Tiempos, la escuela, bodegas, casas de vecinos importantes y servicios públicos.
Ante el temor de tsunami los pobladores evacuaron a sectores altos en medio de oscuridad total. El poblado quedó en el suelo, pero no hubo escasez de provisiones y se distribuyó vestuario y alimento.
Al norte, el terremoto provocó gran daño en el pueblo de Lo Abarca. Con el tiempo, la mayoría de vecinos del lugar se marcharon a vivir a Cartagena
El epicentro del sismo fue frente a las costas de la región de Valparaíso con intensidad estimada de 7,9 a 8,2 Richter. Se sintió desde Tacna a Puerto Montt y ocasionó un tsunami menor de 1 metro sobre la marea alta en las costas de la zona central. El pujante Valparaíso, por esa época principal puerto de Chile, quedó en ruinas. Unas tres mil personas murieron. El temblor principal fue seguido por destructivos incendios y muchas réplicas. Fue la mayor catástrofe de Chile hasta esa fecha. Se ordenó fusilar a quien cometiera pillajes y saqueos.
Media hora antes del desastre un movimiento telúrico 8,3 ocurrió en Islas Aleutianas (entre Rusia y EE.UU.)
En abril de ese año un trágico terremoto 7,9 demolió a la ciudad de San Francisco, California.
Lo curioso es que el terremoto de Chile fue anunciado diez días antes en un diario de Valparaíso. Se publicó hasta con indicación de lugar y hora.
La tragedia motivó la creación del Servicio Sismológico en 1908.
En la prensa internacional hubo informes descabellados acerca del terremoto del 16 de agosto en Chile. El diario panameño La Vanguardia publicó en un artículo: “San Antonio, pueblo pequeño pero que era un encanto como lugar de veraneo, quedó convertido en una inmensa laguna de agua hirviendo”.
